– Opracowaliśmy test identyfikujący pacjentów narażonych na ciężki przebieg COVID-19. Potwierdziliśmy jego działanie klinicznie i laboratoryjnie. Test czeka na komercjalizację – powiedziała doktor Paula Dobosz ze szpitala MSWiA w Warszawie.

Narodowe Centrum Badań i Rozwoju dofinansowało już cztery projekty związane z przewidywaniem przebiegu COVID-19, a resort zdrowia podkreśla, że aktywnie poszukuje innowacyjnych metod diagnostycznych dotyczących tej choroby.

Szpital MSWiA należy do dwóch największych na świecie konsorcjów, zajmujących się badaniami nad COVID-19. Są to: Host Genomic Initiative (HGI) oraz The COVID Human Genetic Effort (HGE).

– Od marca do lipca opisaliśmy w kilku artykułach naukowych w „Nature”, „Science”, „Nature Immunology” oraz „Cell” wspólne odkrycia konsorcjów, dotyczące wariantów genetycznych, mających wpływ na ciężki przebieg COVID-19. Nigdy nie napiszemy, że „my coś odkryliśmy”. Wszystko piszemy razem jako konsorcjanci, siła tego projektu polega na tym, że mamy otwarty dostęp do badań naukowców z całego świata i możemy korzystać ze wszystkich wyników – powiedziała doktor Paula Dobosz, kierownik Zakładu Genetyki i Genomiki CSK MSWiA w Warszawie, wcześniej odpowiedzialna za projekty naukowe w ramach MNM Diagnostics z Poznania, które także należy do wspomnianych konsorcjów.

SZEŚĆ ANOMALII ODKRYTO JUŻ W MARCU UBIEGŁEGO ROKU

Już w marcu 2021 roku uczestniczący w projekcie szpitala MSWiA dr Zbigniew Król powiedział, że udało się wytypować około sześciu anomalii genetycznych – wariantów genów, które mogą mieć wpływa na cięższy przebieg COVID-19.

– Te badania planowano w czasie, kiedy nie było szczepionek, na samym początku pandemii. Od początku myśleliśmy o stworzeniu testu diagnostycznego, który można by było stosować na SOR-ach. Taki test dałby dodatkową podpowiedź lekarzowi, kim zająć się w pierwszej kolejności, a kogo bezpiecznie odesłać do domu – przypomniała doktor Dobosz.

NAJWAŻNIEJSZE SĄ DWA WARIANTY

Ostatecznie zespół naukowców z CSK MSWiA oraz MNM Diagnostic przebadał całe genomy 1235 pacjentów.

– Okazało się, że w polskiej populacji rolę odgrywają zwłaszcza dwa warianty genetyczne. Na bazie tych dwóch wariantów powstał test, którego działanie potwierdziliśmy klinicznie i laboratoryjnie. Wszystko opisaliśmy jako konsorcjum w raporcie i przekazaliśmy późną jesienią 2021 roku Ministerstwu Zdrowia, Agencji Badań Medycznych oraz Narodowemu Centrum Badań i Rozwoju czyli instytucjom, które współfinansowały nasze badania – powiedziała doktor Dobosz.

– Byliśmy odpowiedzialni za stronę naukową i nasza rola na tym etapie się skończyła. Test czeka na komercjalizację – dodała doktor Dobosz.

EFEKT WSPÓŁPRACY TYSIĘCY NAUKOWCÓW Z CAŁEGO ŚWIATA

W marcu 2020 roku tysiące naukowców z całego globu rozpoczęło współdziałanie, by odpowiedzieć na pytanie: jakie czynniki genetyczne mogą wpływać na fakt, że u niektórych pacjentów chorujących na COVID-19 rozwija się ciężka, zagrażająca życiu choroba, wymagająca hospitalizacji, podczas gdy inni odczuwają tylko łagodne symptomy lub nie występują u nich żadne objawy chorobowe? Kompleksowe podsumowanie dotychczasowych prac przedstawiono w lipcu 2021 roku na łamach „Nature”. Naukowcy zidentyfikowali trzynaście tak zwanych loci (obszarów genomu) silnie związanych z infekcją i ciężkim przebiegiem COVID-19. – Dwa z nich występują częściej u pacjentów o pochodzeniu wschodnioazjatyckim lub południowoazjatyckim niż u Europejczyków – poinformowali badacze.

Szczególną uwagę zwrócono na jedno z dwóch loci w pobliżu genu FOXP4, który jest powiązany z rakiem płuc. Wariant FOXP4 związany z ciężkim przebiegiem COVID-19 zwiększa ekspresję genu, co sugeruje, że jego hamowanie może być potencjalną strategią terapeutyczną. Inne loci związane z ciężkim przebiegiem COVID-19 obejmowały DPP9, gen zaangażowany również w raka płuc i zwłóknienie płuc oraz TYK2, który ma związek z niektórymi chorobami autoimmunologicznymi.

BADANIE OBJĘŁO MILIONY OSÓB

Publikacja w „Nature” była dziełem ponad 3 500 współautorów z ponad 1200 jednostek naukowych i klinicznych z całego świata. Wyniki pochodziły z jednego z największych badań asocjacyjnych całego genomu, jakie kiedykolwiek przeprowadzono w historii. Obejmuje prawie 50 000 pacjentów z COVID-19 i dwa miliony niezainfekowanych osób tworzących grupy kontrolne.

Doktor Dobosz zapowiedziała, że w najbliższym czasie konsorcjum opublikuje aktualizację artykułu w „Nature”. – Dojdą nowe warianty genetyczne i będą zweryfikowane te, o których mówiliśmy do tej pory. Wcześniej mówiliśmy o trzynastu obszarach w genomie silnie związanych z infekcją i ciężkim przebiegiem COVID-19. Teraz nastąpi weryfikacja, która może oznaczać zawężenie, czyli że tych obszarów może być mniej. W weryfikacji pomaga czysta statystyka, bo na całym świecie jest już przebadanych kilkadziesiąt tysięcy osób. Ciągle mówimy tutaj o całych genomach, a nie wyłącznie genach, które stanowią zaledwie 1 proc. – zapowiedziała Dobosz.

ZESPÓŁ Z BIAŁEGOSTOKU

Do konsorcjum Host Genomic Initiative należy również zespół profesora Marcina Moniuszki z Uniwersytetu w Białymstoku, który w ubiegłym tygodniu poinformował, że we współpracy z innymi ośrodkami wskazał gen odpowiedzialny za ryzyko ciężkiego przebiegu COVID-19. Resort zdrowia zapowiedział opracowanie do końca pierwszego półrocza bieżącego roku testu genetycznego do szybkiej identyfikacji, czy pacjent jest obciążony większym ryzykiem.

Ministerstwo Zdrowia potwierdza, że wie o teście przygotowanym przez CSK MSWiA w Warszawie oraz teście opartym o ustalenia zespołu z Białegostoku. W oparciu o badania białostockiego zespołu powstanie test genetyczny pozwalający ocenić ryzyko ciężkiego przebiegu COVID-19 u pacjentów w Polsce, co zapowiedział w ubiegłym tygodniu Adam Niedzielski, minister zdrowia. Według niego test powinien być gotowy i dostępny do końca pierwszego półrocza 2022 roku.

ILE WŁAŚCIWIE JEST TESTÓW?

Resort zdrowia poinformował, że „aktywnie poszukuje innowacyjnych metod diagnostycznych oraz rozwiązań pozwalających na zwiększenie efektywności działań wobec pandemii COVID-19. W tym celu prowadzi między innymi Zespół Innowacji oraz Warsaw Health Innovation Hub, których zadaniem jest monitorowanie i pozyskiwanie innowacyjnych rozwiązań również w tym zakresie. Zagadnienie testów diagnostycznych, zarówno opracowanych przez CSK MSWiA, jak i przez Urząd Miasta w Białymstoku, było przedmiotem prac obu wskazanych zespołów, których rekomendacje zostały przekazane do dalszych analiz”.

Ministerstwo Zdrowia posiada również informację o teście diagnostycznym opartym na analizie polimorfizmów zlokalizowanych w konkretnych genach. Jednak nie przeszedł on jeszcze testów skuteczności i bezpieczeństwa.

CZYM RÓŻNIĄ SIĘ TESTY?

Z kolei Agencja Badań Medycznych (ABM) informuje, że wie o dwóch testach. Wskazała też różnice dotyczące wykorzystywanych w nich metod.

– Test genetyczny opracowany przez zespół profesora Moniuszki jest oparty o metodę RT-PCR i służy do wykrywania określonego wariantu w materiale genetycznym pacjenta. Stopień złożoności testu jest podobny, jak w przypadku testów na obecność wirusa SARS-CoV-2. Występowanie tego wariantu u konkretnej osoby będzie wykorzystywane w opracowanym w ramach projektu algorytmie łączącym oprócz czynnika genetycznego wiek, płeć i BMI pacjenta do oszacowania łącznego względnego ryzyka ciężkości przebiegu COVID-19 – napisali jej przedstawiciele.

SZCZEGÓŁOWE PORÓWNANIE NIE JEST MOŻLIWE

O teście przygotowanym przez CSK MSWiA napisano natomiast: „Projekt realizowany przez CSK MSWiA polegał na przeprowadzeniu analiz genetycznych i wytypowaniu markerów związanych z cięższym przebiegiem COVID-19. W wyniku prac opracowano założenia do testu diagnostycznego opartego na technice diagnostycznej – PCR-RFLP. Obecnie trwają prace nad wykorzystaniem informacji uzyskanych z badań genomowych”.

Cztery projekty związane z predykcją przebiegu COVID-19 finansuje również Narodowe Centrum Badań i Rozwoju (NCBiR). Agenda ta poinformowała, że ich łączna kwota dofinansowania wynosi ponad 16,5 mln złotych.

– Spośród czterech projektów najbliższy tematycznie pracom zespołu z Białegostoku jest projekt CSK MSWiA, choć szczegółowe porównanie na postawie doniesień prasowych nie jest możliwe. Kompleksowe informacje o wynikach prac zespołu z Warszawy nie są informacjami publicznymi – zastrzegł Jakub Lackorzyński, rzecznik prasowy Narodowego Centrum Badań i Rozwoju, który potwierdził jednocześnie, że CSK MSWiA złożył jesienią 2021 roku raport końcowy – tym samym projekt został zrealizowany i zamknięty.

PAP/MarWer